Ông đã giành chiến thắng tại cuộc bầu cử tổng thống Mông Cổ năm 2005 và trở thành Tổng thống Mông Cổ thứ 3.[7] Ông hoan nghênh Tổng thống Mỹ George W. Bush đã thăm chính thức Mông Cổ. Đây là chuyến thăm đầu tiên của Mỹ tới đất nước này. Mông Cổ nhận được khoản viện trợ 285 triệu USD từ Dự án Thập niên Thách thức Thiên niên kỷ Hoa Kỳ (MCC) mà Tổng thống Hoa Kỳ George W. Bush đã ký với Enkhbayar năm 2007.[8]

Trong cuộc bầu cử tổng thống Mông Cổ năm 2009, Tổng thống đương nhiệm Enkhbayar đã bị ứng viên Tsakhiagiin Elbegdorj của Đảng Dân chủ Đối lập đánh bại. Elbegdorj giành 51,21% tổng số phiếu trong khi Enkhbayar chỉ đạt 47,41%.[9][10][11]